Сонику предстоит война со зловещими Метарексами - могучими киборгами, похищающими Яйца Планет и несущими гибель всей вселенной. В битве с их предводителем - Дарк Оуком (Dark Oak) Соник выбрасывает Изумруды Хаоса в космос. В то же время происходят два невероятных события: появление в мире Соника Криса и инопланетянки-растения по имени Космо. Используя корабль, построенный Тэйлсом, "Голубой Тайфун", Соник и его друзья отправляются в свое удивительное, полное приключений и опасностей, путешествие по космосу. Их задача - найти Изумруды Хаоса и не дать Метарексам захватить вселенную.